Le Parc naturel régional est organisé sous la forme d’un syndicat mixte qui se compose de l’ensemble des communes classées par décret, des communes partenaires, des communautés de communes du territoire, tout ou partie concernées par le périmètre du Parc, les quatre départements de la Côte-d’Or, de la Nièvre, de la Saône-et-Loire et de l’Yonne et le Conseil régional de Bourgogne Franche-Comté.
L’État est garant de la reconnaissance nationale par l’attribution du label « Parc naturel régional », par décret, et est un partenaire dans la mise en œuvre des orientations et mesures de la charte.
Le Syndicat mixte a pour objet de mettre en œuvre la charte validée par chacun de ses membres, pour une durée de 15 ans (2020 – 2035), véritable projet de développement durable du territoire. Il a un rôle de mise en cohérence des politiques publiques sur son territoire.